El Patronato es el órgano supremo de gobierno, administración y representación de la Fundación, y tendrá a su cargo todas aquellas facultades de dirección y control en la gestión de la Fundación que sean necesarias para la realización de los fines fundacionales. Se reúne, al menos, tres veces al año.

El Patronato está compuesto por: Los tres presidentes autonómicos de Andalucía, Extremadura y Canarias; los tres secretarios generales de Escuelas Católicas de Andalucía, Extremadura y Canarias, y cuatro delegados responsables de educación de instituciones pertenecientes a centros en Escuelas Católicas

El director es el punto de unión entre el Patronato y el Comité de dirección y el principal responsable ejecutivo de las directrices emanadas del órgano rector de la Fundación. Se encarga de dirigir y coordinar las actuaciones del Comité ejecutivo, delega las funciones que estime oportunas en los miembros del Comité, informa al Patronato de las gestiones realizadas por la Fundación y orienta el funcionamiento de los centros de la Fundación.

En la actualidad es Iván Hodar.

El Comité de Dirección es el órgano ejecutivo que se responsabiliza en la práctica de la línea pedagógica y pastoral de los Centros, propone el nombramiento de directores y supervisa la gestión económica, todo ello bajo la dependencia y autoridad del Patronato, desarrollando al efecto las funciones contempladas en el Reglamento de Régimen Interior de la Fundación.

El Comité de Dirección se reúne, al menos, una vez por semana.

Actualmente lo conforman:

• Iván Hodar (Director)
• Juan Manuel Ruiz Santana (Asesor jurídico área administrativa)
• Socorro Fuentes (Director Departamento Pedagógico-Pastoral)
• Fernando López López (Director Departamento Económico)